中法战争后，长江流域反洋教浪潮进一步高涨。1886年，重庆武童拆毁美以美会医院和学堂，接着士民纷纷行动，“集团四处打教”，焚毁英国内地会房屋、法国教堂及英领事署。大足县乡民连年砸毁教堂，至1890年“数百里汹汹骚动”，焚毁龙水镇、马跑场、强家坝三处教堂，由于官府的镇压，终于爆发了以余栋臣为首的反洋教起义。江南的反洋教高潮也在此时开始酝酿。1891年，湖南又出现大量反洋教的书文、诗歌、词曲、图像、揭帖等，如《谨遵圣谕辟邪》、《擎天柱》、《棘手文章》、《鬼叫该死》、《灭鬼歌》、《禀天主邪教》等数百种，仅《鬼叫该死》一种便在湖南刊印80万份。这些反教宣传品“遍传各省”，其中湖南乡绅周汉刊刻的朱墨套印的反洋教通俗图画，在民间广泛流传。湖广总督张之洞说：“屡次严饬南北两省查禁，不遗余力，旧本甫毁，新本旋出。”这些宣传品对长江中下游的反洋教斗争起了巨大的鼓动作用。1891年5月，因芜湖耶稣会中国修女领养两名小孩，被传为“迷拐幼孩，挖眼制药”，舆论大哗，传教士和英领事胁迫官府派兵干涉，致使群情激愤。5000余人手执小旗，拥入教堂，将教堂、育婴堂及教士住宅焚毁，并冲击海关洋楼和英领事公署。清兵开炮威胁，群众“仍四处聚集不散”。芜湖起事后，反洋教斗争迅速向全省及江苏、江西、浙江、湖北等地扩展。安庆、丹阳、无锡、金匮、阳湖、如皋、江阴、九江、杭州、广济、宜昌等地群众起而焚毁教堂和教士住宅，“竟有一县焚毁数处者”。6月，湖北广济县哥老会郭六寿率民众千余人围攻武穴镇英国遁道会福音堂，击毙英国传教士和海关铃子手，并捣毁附近黄梅、蒲圻等地教堂。9月，宜昌方济各会圣母堂收买拐来儿童，家属到教堂索还，居民齐集堂外评理。美国圣公会教士竟向人群开枪，击伤一人，激起民愤。数千人冲入圣公会，烧毁教堂，接着又到圣母堂救出幼童数十人后，焚毁该堂，并击伤修女多人。此外，河街天主堂、英人住宅和正在修建的英领事署亦被毁。武汉两岸，“洋街洋堂，人人自危”。甚至上海租界和徐家汇一带也出现反教揭帖。美国公使田贝向美国国务院报告说：“几乎在长江各通商口岸都有骚乱发生”，“没有一个城市是安全的，上海也包括在内”。各国出动在华的所有军舰到武汉等地示威，各国公使联衔提出抗议，清政府则对群众实行血腥镇压。斗争的余波则持续到1893年。

长江中下游的反洋教浪潮一直波及中国北部。1891年11月，热河朝阳金丹道会首杨悦春等人发动武装起义，在理教首领郭万湻〔chun唇〕率众响应，起义者在“旬月之间，由数千聚至数万”，其中不少人来自江南各地。起义军所到之处焚堂灭教，横扫朝阳、平泉、建昌、赤峰四州县教会势力，其影响波及开平、滦州、迁安、永平和锦州。最后在清军残酷镇压下失败。

反洋教斗争随着帝国主义对中国的侵略不断加深而进一步扩大。斗争的区域北自黑龙江，南至广东，东起沿海，西迄边陲，几乎遍及全国。教案大多是由天主教育婴堂收养幼童和新教在内地买地建堂、扩大据点而引发。斗争的锋芒不仅指向天主教，而且扫及英美新教各派。参加斗争的队伍，初期尚以士绅起主导作用，民团是反教的骨干。中法战争后，大量下层劳动人民投入运动，民间会党日趋活跃，并成为斗争的核心力量。斗争形式也从焚堂闹教发展成为大规模的暴动。官员士绅陆续退出斗争，清政府则与帝国主义站在一起，以血腥手段对付爱国民众。

从长江流域反洋教斗争后至义和团运动爆发止，为第三阶段。会党领导的反教暴动使清政府感到自危。他们一面屡出告示严禁会党活动，动辄实行武力镇压；一面也想变通方法，约束教士和教民。1892年5月，直隶总督李鸿章提出《论变通教务》和《酌拟教堂禁约十条》，内容包括：禁止教士诋毁儒教；中国官员按季查看教堂并看望所收婴孩；教堂按月报告收养及病故婴孩人数；教堂只收养12岁以下幼童；教堂照约由地方官员税契，并登记所在地，报明地方存案，教堂停止滥收莠民和被拐骗者；教民诉讼，教士不得包庇；教士须约束教民；由教皇派遣大主教驻北直隶与地方官员直接商办教务事宜，不用法国照料保护。但在帝国主义加紧瓜分中国的时候，清政府自顾不暇，所拟“禁约”根本无法实施。各地的反洋教斗争却在民族存亡的严重关头迅猛发展起来。

1893年，湖北麻城宋埠民众反对瑞典新教行道会，杀死教士梅宝善和乐传道。次年8月，吉林练军路过辽阳时捣毁苏格兰长老会教堂，教士李雅谷被殴重伤致死。1895年4月，成都出现揭帖，对英、美帮助日本侵略中国表示愤慨。5月28日端午掷果会②上，传教士竟将与之发生口角的儿童抓进教堂，从而激起暴动，教士住宅及教会医馆当夜被焚。次日又焚毁美国美以美会、英国内地会、法国天主教教堂三所，育婴堂和医馆各一所，打伤法国主教杜昂。川西、川南数十州、厅、县相继发生打教事件。美、英、法三国军舰游弋长江，“各国公使联衔抗议”。清政府再次屈从，将四川总督刘秉璋，候补道周振琼，成都知府唐承烈，华阳、乐山、灌县、大邑、冕宁、新津等县知县全部革职，六人被杀，17人受充军、流放、枷刑和杖刑的处罚。刘秉璋是教案中被革职的最高官员。

与成都教案同时发生的有福建古田教案。甲午战争后，古田斋会多次发动民众抗捐抗税并准备武装起义。古田英国传教士侦知后向清政府告密。1895年8月，斋会首领刘祥兴等率百余人杀死英国传教士史荦[luo骆]伯夫妇等11人，焚房二幢。事件发生后，英美两国军舰到福州威胁，并组织调查团前往古田，英、美领事参加会审。古田知县王汝霖被革职，刘祥兴等26人被处死，17人终身充军，五人终身监禁。

1896年，山东曹县、单县，江苏丰县和安徽砀山先后发生反洋教事件。4月，法国传教士邓玉函在广西被杀。11月，德国传教士能方济和韩理在山东巨野被大刀会所杀。同时，寿张、济宁、单县、城武等州县，也发生捣毁教堂，殴逐教士、教民事件。德国借口巨野教案，乘机侵占胶州湾，山东全省遂成为德国的势力范围。1898年春，四川大足的余栋臣再次举行武装起义，以“顺清灭洋”、“除教安民”为号召，哥老会党踊跃参加，周围30多个州县纷纷响应，捣毁教堂20余处。湖北、贵州、云南各地哥老会闻风而动，聚众毁堂。在清军“剿抚兼施”的政策下，起义虽然终于失败，但大足教案的影响波及全国。同年4月，巴黎外方传教会苏安宁司铎等三人在广西永安被杀。10月，外方传教会另一名教士伸德辉在广东博罗被杀。11月，贵阳民众杀死英国内地会教士明鉴光。12月，巴东县杀死方济各会比利时神父董若望等人。在山东各地的反洋教斗争中，民间秘密结社迅速发展，大刀会、义和拳(后改为义和团)等成为组织群众反洋教斗争的核心。1898年初，梅花拳在冠县梨园屯组织乡民焚毁天主教堂，义和拳在日照反对传教，殴伤德国传教士薛田资。1899年底，大刀会在平阴县酝酿起事，英国安立甘会传教士卜克斯闻讯后由泰安府赶回制止，在肥城被大刀会杀死。同年，浙江海门农民发动“护国灭教”的起义，迅速扩展到黄岩、太平、临海三县，乡民立将当地教堂全行拆毁。

这一阶段的反洋教斗争，由于列强瓜分中国的危机日趋严重，人民群众的爱国热情高涨，参加人数愈来愈多，民间秘密会党成为反洋教斗争的主体，因而斗争比以前更加激烈、更为广泛，出现了由会党领导的有组织有计划的武装斗争。清政府采取扶教抑民政策，同帝国主义一起残酷镇压中国人民。1898年3月，清政府颁布《地方官接待教士章程》，竟承认主教相当于督抚，副主教、会长相当于司道③，传教士相当于州县④的政治地位。因此，民教矛盾愈趋尖锐，人民自发的反帝爱国情绪不断高涨。在义和拳、大刀会等组织和发动的反洋教斗争的基础上，1900年终于爆发了大规模的义和团运动。

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注释：

①三口是指据1860年《北京条约》新开放的三个北方口岸：天津、牛庄(营口)和登州(烟台)。三口通商大臣后改为北洋通商大臣。

②掷果会为四川民间庆祝端午节的迎神赛会。

③巡护以下的省一级官吏。

④州县为清朝基层政权机构。州设知州，县设知县，直接管理一州一县的赋役、诉讼、文教等事。州县即指这一级的地方官员。