不仅如此，宗教改革诉诸个人的内心信仰，在某种意义上为近代哲学之主体性的觉醒准备了条件。正如黑格尔所说，“按照这个信仰，人与上帝发生了关系，在这种关系中，人必须作为这个人出现、生存着：即是说，他的虔诚和他的得救的希望以及一切诸如此类的东西都要求他的心，他的灵魂在场。”（注15：黑格尔：《哲学史讲演录》，第三卷，第378页。）于是，永恒的东西或真理与有限的东西即个人的存在在“主观性”基础上得到了“和解”，因而宗教改革的根本内容就是：“人类靠自己是注定要变成自由的”（注16：黑格尔：《历史哲学》，第464页。）。

当然，宗教改革毕竟只是在信仰范围之内进行的改革。他们的宗教哲学思想依然有着神学的深刻印记，是新教神学的理论基础。路德、加尔文的宗教改革在本质上具有浓厚的反理性反科学色彩，甚至就连他们所标榜的宗教信仰自由，最终也被对异端的残酷镇压所淹没。哥白尼的日心说曾遭到路德的恶毒咒骂，而著名的西班牙人文主义者塞尔维特，在正要发现血液循环的时候，虽然逃离了罗马天主教会的监狱，却最终惨死在加尔文教的火刑架上。马克思曾经深刻地揭示了路德宗教改革的本质：“路德战胜了信神的奴役制，只是因为他用信仰的奴役制代替了它。他破除了对权威的信仰，却恢复了信仰的权威。他把僧侣变成了俗人，却又把俗人变成了僧侣。他把人从外在宗教解放出来，但又把宗教变成了人的内在世界。他把肉体从锁链中解放出来，但又给人的心灵套上了锁链。”（注17：《马克思恩格斯全集》，第1卷，第461页。）